УДК 575.2:575.22:574.3
AGRIS F30

Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров

Исследование выполнено при финансовой поддержке Правительства Пермского края в рамках научного проекта №С-26/174.3 от 31.01.2019

Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров
©Чертов Н. В., ORCID: 0000-0003-0250-220X, Пермский государственный национальный исследовательский университет, г. Пермь, syper.gall@mail.ru
©Пыстогова Н. А., ORCID: 0000-0003-4420-880X, Пермский государственный национальный исследовательский университет, г. Пермь, n.pystogova9@gmail.com
©Малышкина E. Е., ORCID: 0000-0002-7251-7637, Пермский государственный национальный исследовательский университет, г. Пермь, Россия, thelionofcintra@gmail.com
©Нечаева Ю. И., ORCID: 0000-0003-0837-4149, Пермский государственный национальный исследовательский университет, г. Пермь, Россия, ulia-2012@mail.ru
©Боронникова С. В., ORCID: 0000-0002-5498-8160, д-р биол. наук, Пермский государственный национальный исследовательский университет, г. Пермь, Россия, SVBoronnikova@yandex.ru
©Календарь Р. Н., ORCID: 0000-0003-3986-2460, канд. биол. наук, Республиканское государственное предприятие «Национальный центр биотехнологии», г. Нур-Султан, Казахстан, ruslan.kalendar@mail.ru

Аннотация. Для отбора идентификационных SNP-маркеров и идентификации на популяционном уровне проведено изучение 5 популяций сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L., Pinaceae) и 5 популяций западной расы лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb., Pinaceae) в Пермском крае. Для определения нуклеотидных последовательностей и отбора идентификационных SNP-маркеров в 10 популяциях двух древесных видов растений Пермского края были протестированы 13 пар праймеров к 10 ядерным и к 3 хлоропластным локусам P. sylvestris, а также десять пар праймеров к 10 локусампотенциально адаптивно-значимых генов L. sibirica. Определены нуклеотидные последовательности 3 локусов ядерной и 3 локусов хлоропластной ДНК P. sylvestris, а также 6 локусов ядерных адаптивно значимых генов L. sibirica. В секвенированных последовательностях двух видов растений детектировано 59 SNP-маркеров. Из этих маркеров выявлено 11 идентификационных SNP-маркеров, с достаточно высокой частотой встречаемости (≥0,5), пригодных для идентификации популяций двух хвойных видов растений.

Ключевые слова: молекулярно-генетическая идентификация, SNP-маркеры, Pinus sylvestris L., Larix sibirica Ledeb., Пермский край.

Molecular Genetic Identification of Populations of Pinus sylvestris L. and Larix sibirica Ledeb. in Perm Krai Using SNP-markers
©Chertov N., ORCID: 0000-0003-0250-220X, Perm State University, Perm, Russia, syper.gall@mail.ru
©Pystogova N., ORCID: 0000-0003-4420-880X, Perm State University, Perm, Russia, n.pystogova9@gmail.com
©Malyshkina E., ORCID: 0000-0002-7251-7637, Perm State University, Perm, Russia, thelionofcintra@gmail.com
©Nechaeva Yu., ORCID: 0000-0003-0837-4149, Perm State University, Perm, Russia, ulia-2012@mail.ru
©Boronnikova S., ORCID: 0000-0002-5498-8160, Dr. habil., Perm State University, Perm, Russia, SVBoronnikova@yandex.ru
©Kalendar R., ORCID: 0000-0003-3986-2460, Ph.D., National Center for Biotechnology RSE, Nur-Sultan, Kazakhstan, ruslan.kalendar@mail.ru

Abstract. For the selection of identification SNP markers and identification at the population level, 5 populations of Scots pine (Pinus sylvestris L., Pinaceae) and 5 populations of the western race of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb., Pinaceae) in the Perm Krai were studied. To determine nucleotide sequences and select identification SNP markers in 10 populations of two woody plant species of the Perm Krai, 14 pairs of nuclear and 3 pairs of chloroplast loci of P. sylvestris, as well as ten pairs of primers to 10 loci of potentially adaptively significant genes of L. sibirica were tested. Sequencing of 3 nuclear loci and 3 loci of chloroplast DNA of P. sylvestris, as well as 6 loci of nuclear adaptively significant genes of L. sibirica were sequenced. In the sequenced sequences of two plant species, 59 SNP markers were detected. Of these, 11 identification SNP markers were established, with a sufficiently high frequency of occurrence (≥0.5), suitable for identifying populations of two coniferous plant species.

Keywords: molecular genetic identification, SNP-markers, Pinus sylvestris L., Larix sibirica Ledeb., Perm krai.

Ссылка для цитирования:

Чертов Н. В., Пыстогова Н. А., Малышкина E. Е., Нечаева Ю. И., Боронникова С. В., Календарь Р. Н. Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров // Бюллетень науки и практики. 2020. Т. 6. №12. С. 14-22. https://doi.org/10.33619/2414-2948/61/01

Cite as (APA):

Chertov, N., Pystogova, N., Malyshkina, E., Nechaeva, Yu., Boronnikova, S., & Kalendar, R. (2020). Molecular Genetic Identification of Populations of Pinus sylvestris L. and Larix sibirica Ledeb. in Perm Krai Using SNP-markers. Bulletin of Science and Practice, 6(12), 14-22. (in Russian). https://doi.org/10.33619/2414-2948/61/01

© 2015–21 Издательский центр НАУКА И ПРАКТИКА. Сайт создан на Wix.com

  • Facebook Social Icon
  • Twitter Social Icon