УДК 615.21:519.876.5: 577.29
AGRIS F30

Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК А рецептором, методом молекулярного докинга

Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК А рецептором, методом молекулярного докинга
©Гендугов Т. А., ORCID: 0000-0002-7447-8328, Волгоградский государственный медицинский университет, г. Пятигорск, Россия, timbirlei2008@rambler.ru
©Глушко А. А., ORCID: 0000-0001-7465-5657, канд. фармацевт. наук, Волгоградский государственный медицинский университет, г. Пятигорск, Россия, alexander.glushko@lcmmp.ru
©Чиряпкин А. С., ORCID: 0000-0001-8207-2953, Волгоградский государственный медицинский университет, г. Пятигорск, Россия, alexey.chiriapkin@yandex.ru
©Чиряпкин В. С., ORCID: 0000-0003-4807-591X, Волгоградский государственный медицинский университет, г. Пятигорск, Россия, chiryapkin.v@yandex.ru

Аннотация. Рассматривается in silico изучение аффинитета 3-[2-(4-Фенил-1-пиперазино)-2-оксоэтил]-хиназолин-4(3Н)-она (соединение VMA-10-21) к бензодиазепиновому сайту связывания ГАМК-А рецептора методом молекулярного докинга. Вычислительный эксперимент осуществлялся с использованием набора программ Autodock. В итоге была разработана методика прогнозирования сродства моделируемых соединений к бензодиазепинову сайту связывания ГАМК-А рецептора. Наибольший коэффициент корреляции между величиной pKi и средней энергией докинга в сайте связывания бензодиазепина (0,54) был получен с использованием набора аминокислот Tyr 58 и Tyr 159. Прогнозируемое значение Ki соединения VMA-10-21 составляет 2,864 нМ, что позволяет предположить высокий аффинитет изучаемого соединения к данному рецептору.

Ключевые слова: компьютерное моделирование, молекулярный докинг, ГАМК-А-рецептор, ГАМК, бензодиазапиновый сайт, прогноз, фармация.

Prediction of the Anxiolytic Action Mediated by the GABA A Receptor by the Molecular Docking Method
©Gendugov T., ORCID: 0000-0002-7447-8328, Volgograd State Medical University, Pyatigorsk, Russia, timbirlei2008@rambler.ru
©Glushko A., ORCID: 0000-0001-7465-5657, Ph.D., Volgograd State Medical University, Pyatigorsk, Russia, alexander.glushko@lcmmp.ru
©Chiriapkin A., ORCID: 0000-0001-8207-2953, Volgograd State Medical University, Pyatigorsk, Russia, alexey.chiriapkin@yandex.ru
©Chiriapkin V., ORCID: 0000-0003-4807-591X, Volgograd State Medical University, Pyatigorsk, Russia, chiryapkin.v@yandex.ru

Abstract. The article considers the study in silico of the affinity of 3-[2-oxo-2-(4-phenyl-1-piperazinyl)ethyl]-4(3H)-quinazolinone (VMA-10-21 compound) to the benzodiazepine binding site of the GABA А receptor by molecular docking method. The computational experiment was carried out using a set of Autodock programs. As a result, the method for predicting the affinity of the simulated compounds to the benzodiazepine binding site of the GABA A receptor was developed. The highest correlation coefficient between the pKi value and the average docking energy in the benzodiazepine binding site (0.54) was obtained using a set of amino acids Tyr 58 and Tyr 159. The predicted Ki value of the VMA-10-21 compound is 2.864 nM, which suggests a high affinity of the studied compound to this receptor.

Keywords: computer simulation, molecular docking, GABA A receptor, GABA, benzodiazapine site, predict, pharmacy.

Ссылка для цитирования:

Гендугов Т. А., Глушко А. А., Чиряпкин А. С., Чиряпкин В. С. Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК А рецептором, методом молекулярного докинга // Бюллетень науки и практики. 2020. Т. 6. №5. С. 39-45. https://doi.org/10.33619/2414-2948/54/04

Cite as (APA):

Gendugov, T., Glushko, A., Chiriapkin, A., & Chiriapkin, V. (2020). Prediction of the Anxiolytic Action Mediated by the GABA A Receptor by the Molecular Docking Method. Bulletin of Science and Practice, 6(5), 39-45. (in Russian). https://doi.org/10.33619/2414-2948/54/04

© 2015–20 Издательский центр НАУКА И ПРАКТИКА. Сайт создан на Wix.com

  • Facebook Social Icon
  • Twitter Social Icon